通常，科學家利用質粒在靶細胞中進行基因的過表達。質粒的靈活性、兼容性、安全性、經濟性等特性促進了分子生物學家將其應用于各種用途。一些常用的質粒類型包括：克隆質粒、表達質粒、基因下調質粒、基因敲除質粒、報告質粒、病毒質粒等。

克隆質粒：旨在擴增目的DNA片段

表達質粒：利用乳糖操縱子等結構過表達目的基因基因下調質粒：利用基因沉默（抑制mRNA翻譯）的原理減少宿主細胞內源基因的表達

基因敲除質粒：質粒中可插入基因敲除所需的元件，如用CRISPR/Cas9敲除時，質粒中含有Cas9蛋白的基因序列并插入一段設計好用來轉錄出gRNA的序列；同源重組法敲除時，質粒中插入一段目的基因的上下游同源序列

報告質粒：整合有報告基因的重組質粒。報告基因是一種編碼可被檢測的蛋白質或酶的基因，也就是說，是一個其表達產物非常容易被鑒定的基因。把它的編碼序列和基因表達調節序列相融合形成嵌合基因，或與其它目的基因相融合，在調控序列控制下進行表達，從而利用其表達產物標定目的基因的表達調控，篩選得到轉化體。

病毒質粒：對病毒的基因組進行改造，去除其致病感染性而保留其它功能，有利于目的基因靈活的進入細胞并整合到基因組中。到目前為止，quan世界的科學家在各種實驗中廣泛將質粒用于各種技術，包括熒光成像、重組DNA技術、蛋白質大規模生產、疾病模擬、藥物開發和基因編輯等，其應用之廣，使得質粒幾乎存在于現在的所有生命科學實驗室。